Web Service dentro de aplicacion Web

[megajandro]

me parece que no tenes claro que es un webservices, leete los distintos modos de trabajar con un ws RPC, SOAP, contract-first. Si lo haces soap fijate que tenes que configurar en web.xml un servlet, mapping y demas. Recorda que la comunicacion es sincronica, por lo tanto te puede servir uno solo dependiendo de como trabajes con los request y response en la comunicacion. Si por alguna razon la respuesta del lado del servidor lleva un tiempo importante deberias pensar en 2 cosas. Una hacer otro servidor ws del lado que espera la respuesta o sino pensar en una cola de mensajes asincronico por ejemplo un MQ implementacion facil de usar spring-remoting con AMQ. El tema de como trabajar los componentes de tu aplicacion en principio te conviene pensarlo como un solo proyecto web, para no complicarte la vida demasiado. Luego mira maven o ant pero trata de entender esto primero.