Con el script que dejas propuesto a mi se me abre una única ventana. La otra debe de abrirse por otro lado.
Si quieres que se abra por detrás de la ventana madre puedes lograrlo añadiendo esto
<script language="JavaScript">
<!--
function abrir (pag, nombre, w, h)
{
posleft = (screen.availWidth / 2) - (w / 2);
postop = (screen.availHeight / 2) - (h / 2);
ventana = window.open(pag,nombre,'width=' + w +',height=' + h + ',alwaysRaised=1,resizable=0,personalbar=0,scrollb ars=0,left=' + posleft + ',top=' + postop);
}
abrir("pop_under.htm","popup",200,200);
ventana.blur()
-->
</script>
Eso hará que tras abrirse pierda el foco yendose hacia atrás