Se ve que no has consultado el FAQ.
http://www.forosdelweb.com/1426199-post30.html
Por otra parte aquí hay más información.
http://www.webtutoriales.com/tutoria...r-java.17.html
Si instalas un IDE como el Eclipse o el Netbeans tienes una forma fácil de compilar y ejecutar. Si quieres usar tomcat, lo normal es generar un .war con el IDE, y llevar ese .war al directorio webapps del tomcat, que se inicia desde /bin/startup.bat , y para acceder en
http://localhost:8080/nombredetuaplicacion