Pense que te referias a borrar solo el contenido de cada indice si quieres "reiniciar" o "limpiar por completo" una variable puedes probar con esto, te hice un code de ejemplo:
Código PHP:
<?php
$d = array (1,2,3);
print_r($d);
echo '<br>';
unset($d);
$d=array();
print_r($d);
?>
El resultado seria
Array ( [0] => 1 [1] => 2 [2] => 3 )
Array ( )
Destruye la variable con unset() y luego la declara de nuevo..
Saludos