Hola,
Para ejecutar una aplicación en Windows sin abrir sesión tienes que crear un servicio. Si tienes el código fuente de la aplicación, convertirla en un servicio es relativamente simple; tienes que agregar ciertas funciones para instalar el servicio, iniciarlo, etc. Busca información en MSDN de como crear un servicio.
Si no tienes el código fuente puedes usar algún wrapper que encapsule el ejecutable como un servicio.
http://www.google.com/search?q=crear+un+servicio+exe
Saludos,