Opciones hay muchas, solo tienes que aplicar un poquito de ingenio y definir como combinarlas.
- Para animaciones tienes Synfig o K-toon (puedes crear .swf para insertar en tu proyecto.
- También te podrían servir Wink o RecordMyDesktop para crear las animaciones a partir de screenshots de cualquier aplicación de ubuntu y generar archivos swf.
- Podrías crear un sitio web ejecutado localmente e incrustar esas animaciones flash... o podrías utilizar Javascript para crear animaciones sin usar flash...
- Otra opción es usar Inkscape para crear presentaciones interactivas en formato svg, con efectos de transicion y animaciones mediante jessyink. Esta presentación svg la puedes abrir con firefox.
- O tal vez puedas crear un pdf interactivo o una presentación tipo powerpoint con Impress, que yo sepa ambos formatos admiten interactividad.
Saludos,