Hola Peter ya me tope con lo que en su momento me comentaste:
Código:
Directory.Delete(Directorio, true); haria su trabajo si no hubiese algun proceso usando el folder o alguno de sus archivos.
lo que podrias hacer es conseguir los id's de esos procesos y decirle al usuario quedebe cerrarlos o si desea que el sistema lo haga (un poco riesgoso) pero bueno.
deja reviso la libreria de codigos y te mando algo para que compruebes quien lo usa y como terminar con los procesos.
Ahora no se como borrar esa carpeta.