claro que se guardan.. son un caracter como cualquier otro.. que no los veas es otro cosa...
en windows es \r\n
en linux es \n
y puedes pasarlo a la etiqueta de html para que se vean bien en tu navegador con la funcion
nl2br de php
saludos!
EDITO: o.o! diablos pusiste lo mismo que yo .. i hate you .. parecera q te copie :(