Cita: Puede haber un virus en el servidor o es problemas de un "ataque" en el PHP?
desendoll,
Pueden ser varias cosas, pero lo resumo a dos básicas:
1.- Que tu PC esté infectada y como bien comenta JoshMex, estén robándote las contraseñas en base a algún tipo de sniffer de conexiones o keylogger que envía la información por internet a los atacantes y luego ingresan a tu ftp e infectan todo lo que pueden.
2.- Que haya un virus/troyano a nivel de kernel/servicios en el servidor, en este caso sólo tu proveedor de Hosting podrá ayudarte con el tema.
Mi teoría es que lo tuyo es el punto 1, pues en el punto 2 no te permitiría si quiera limpiar el código pues lo estaría inyectando constantemente al despachar cada web.
Saludos,