solo un comentario... se me hace la idea que ambos script son los mismos, solo que le cambio el nombre de los archivos con la erronea idea de que por cada input debe haber un archivo js. aun asi, si es el caso, no puedo ayudar al caso porque nunca he utilizado librerias para calendario. tendrias que leer la documentacion porque dudo mucho que el codigo fue diseñado para incluir un solo calendario. debe haber alguna forma que te permita realizar multiples instancias, uno para cada input que necesites con calendario. si no es el caso, entonces tendras que hacer como te ha indicado Adler.
