Hola:
Echa un ojo en
http://www.chuidiang.com/chuwiki/ind..._Java_separada en el apartado "meter todo en tomcat" a ver si lo tienes parecido. Fíjate que tu clase (si no has hecho un jar) debe estar debajo de WEB-INF/classes/Librerias/Extras.class
Se bueno.