Que tal:
Sugiero que revises los vinculos los cuales no te funcionan dentro de DW y verifiques su escritura correcta, los vinculos en el caso que sean hacia sitios dentro de tu carpeta raiz, deben tener una escritura parecida a /pagina.htm y al tratarse de link externos, algo como
http://www.pagina.com
Revisa bien la direcciòn de los links q tengan un modelo parecido a lo que te comente, suele pasar mucho que a veces las direcciones de los link son de tipo c://mis documentos/pagina/etc
pero al momento de subirla al servidor sencillamene no funcionaran, pero claro esto ya es un error.
Suerte:
