Vamos a ver, los subdominios dinámicos se crean incluyendo un direccionamiento en el archivo .htaccess algo así:
Código:
RewriteCond %{HTTP_HOST} scripts\.dominio\.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !lib/js/
RewriteRule ^(.*)$ lib/js/$1
Y lo que hace, en este caso, es que el subdominio scripts.dominio.com se direccione a la carpeta lib/js raiz de tu dominio principal.
Además, tu servidor tiene que aceptar las llamadas del tipo *.dominio.com, y esta configuración, es la que creo yo que impide que luego funcione bien un subdominio de toda la vida, con su archivo de configuración y todo, ya que, ante una llamada subdominio.dominio.com, siempre será atendido por el dominio principal.
La verdad es que no sé si lo he liado más con la explicación
Saludos.