Hola PvdesigN, y bienvenido:
Para poner pop-up's tienes que abrir ventanas con el método open... y en las Faqs de javascript puedes encontrar información... concretamente el nº 100 es bastante completo.
Si quieres usar más de un pop-up, tan solo tienes que abrir ventanas nuevas, para eso te recomiendo que el segundo parámetro del "open" sea distinto... puedes poner nombres aleatorios
Un ejemplo a pelo:
var ventanas = new Array(2);
var name0 = "name" + Math.random();
ventanas[0] = window.open("primeraventana.html", name0, "");
var name1= "name" + Math.random();
ventanas[1] = window.open("segundaventana name1 "");
Bueno... como no sé los conocimientos que tienes, lo dejo ahí, y si necesitas una explicación mejor, tan solo debes decirlo...
Saludos
