dominio canonico e indexado

[pacosorella]

Hola, he encontrado respuestas parciales a esta duda, pero soy un poco novato y sin algo más especifico no me aclaro, si es una pregunta duplicada pido disculpas de antemano.
Lo que me sucede es que di de alta en google la web con las 3 www pero haciendo un site:www.misite.com en google no aparecía nada, sin embargo con site:misite.com me di cuenta que me había indexado sin las www, leyendo vi lo de dominio canónico, di de alta la web sin las www y escogí como dominio canónico www.misite.com.
Ahora al tipear site:misite.com me da como respuesta las 20 php que me había indexado anteriormente y tipeando site:www.misite.com me da el el index, la home.
Tengo que modificar el .htaccess para redireccionar de misite.com a www.misite.com o con haber escogido las www como dominio canónico en google a través de sus herramientas de webmasters el solo ya lo arregla y se ocupa de poner las cosas en su sitio?
He de modificar el .htacces? Si es así que he de poner en el .htacces? buscando por ahí no veo nada que me lo deje claro, esta la respuesta pero no termino de entenderla. Por si sirve de algo el servidor es apache.
También google me indexo de los 500 php que subi 20 de ellas en los primeros dos días, pero ahora a parado de indexar en los últimos 4 días siguen las mismas y no aumenta, el sitemap esta bien y los errores de rastro que me da son mínimos y ya corregidos, es cosa del efecto sandbox que leo por algunos foros?
Todos los contenidos son originales y he tratado de respetar todo lo que leía en foros que no debía hacer por ir en contra de la política de google, esta el seo correcto, los alt en imagenes, etc, no compro links, no pongo publicidad, las imágenes están nombradas con coherencia etc. Así pues me gustaría saber si ha dejado de indexar porque va despacio o porque lo del site sin www y con ha generado algo malo para el site cara a google.
Creo que eso es todo, agradecería cualquier respuesta o que se me remita a un manual que trate estos temas de una forma mas para dummies que lo que leo en la ayuda de google, porque la información la leo por ahí pero no esta lo suficientemente simple para mi nivel actual de conocimientos.
Gracias por las respuestas. Y disculpas si es más de lo mismo
Un Saludo.