Pues creo que para eso te puede servir la función explode.
Código PHP:
$server = "mx.webhost.com";
$user = "[email protected]";
$password = "password";
$mserver = imap_open ("{" . $server . ":110/pop3}INBOX", $user, $password);
$nmsgs = imap_num_msg ($mserver);
if( $nmsgs >0 ) {
//read that mail recently arrived
$correo=imap_qprint(imap_body($mserver, $nmsgs));
}
imap_close ($mserver);
$lineas=explode("\n",$correo);
Eso te daría en $lineas un array con una linea en cada uno.
Cualquier duda avisa ;)...