Jquery es una libreria,es decir,algo mas que se tiene que cargar al cargar el sitio,asi que es mejor solo para efectos y para menus o modulos complejos.
Si vas a cargar una libreria ( como JQuery ) o un codigo que se hara presente en una pagina entera,pones el enlace a el archivo JS dentro de head:
Código:
<script type=”text/javascript” src=”lo_que_sea.js”></script>
y si vas a ponerla en un solo lugar,como por ejemplo,un menu seria dentro de Body y en el lugar que quieres que este (ya sea dentro de una div o una tabla).
Saludos