amigo hay una funcion "MINUS" que te prodria ayudar
http://www.1keydata.com/sql/sql-minus.html
1ra vuelta
Seleccionar la resta (MINUS) de la TablaOriginal - TablaTemporal (0reg)
Agregar a la Tabla Temporal TOP 500
2da vuelta
Seleccionar la Resta (MINUS) de la Tabla Original - Tabla Temporal (500reg)
Agregar a la Tabla Temporal TOP 500
3ra vuelta
Seleccionar la Resta (MINUS) de la Tabla Original - Tabla Temporal (1000reg)
Agregar a la Tabla Temporal TOP 500
.
.
.
asi sucesivamente hasta que no haya mas valores al hacer MINUS
- creo que si entendite jeje-