Cita:  function reloj() {
$("BODY").css("background-color","#00"+x);
x++;
}
    Uno dentro de otro? Que lio!  
 Cita:  lo deje con el background pero por color con rgb(x,x,x)
    Te digo que despues de tanto tiempo los valores 255 van a ser superados y tu script va a dar error (o dejar de funcionar). Busca la forma de ponerle un limite:   
 Cita:  var x=1;
function reloj() {
 if (x==255) {x= 1;};
$("BODY").css("background-color","#00"+x);
x++;
}
    Probá eso, que estaría reseteando el valor a 1.