Los compiladores .exe de Perl, en realidad, lo que hacen es empaquetar el intérprete Perl, los módulos básicos, y los que usa el propio programa, junto con el código fuente en Perl, en un único sitio.
Eso quiere decir que, cada vez que el usuario ejecuta ese programa, lo que hace es un descomprimir todos esos elementos y ejecutar el intérprete con el código fuente como argumento. Como comprenderás, eso implica un retraso mayor que si el intérprete Perl estuviera ya instalado.
Tienes, para ello, herramientas en CPAN, como la distribución
PAR, o comerciales como
perl2exe de la empresa IndigoStar.