tienes que verificar que el contenido incluido sea contenido aceptable dentro del elemento en que lo incluyes. si dices que te valida el archivo php a incluir, lo más seguro es que se trata de un documento html completo por lo que a su vez contiene los elementos princpales de un documento HTML. o sea, por ejemplo...
Código:
 <!-- en una porcion del documento -->
<div><?php include "archivo.php"; ?></div>
  puede que este generando algo como... 
Código:
 <div><!DOCTYPE ...>
<html lang="es">
<head>...</head>
<body>...</body></html></div>
  lo cual evidentemente esta mal. por eso antes te comente que el segundo error se debe a que estas creando el elemento HTML en lugar incorrecto y más importante tienes que ver el código generado por php.  
@edit, bueno, me tarde mucho en escribir.