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Iniciado por Alex Reyes 
Las aplicaciones ASP.Net son compliladas. Cuando el IIS recibe una solicitud de una página perteneciente a una aplicación ASP.Net, tiene que compilar la aplicación. Este proceso toma tiempo. Una vez compilada, las demas solicitudes son ejecutadas casi instantaneamente porque la aplicación ya está compilada y en memoria.
Si el IIS deja de recibir solicitudes para esta aplicación en determinado tiempo, ejemplo 30 minutos, el IIS libera la aplicación de la memoria. La siguiente vez que alguien necesita una página de esta aplicación, el IIS tiene que volver a compilar la aplicación y es cuando los usuarios notan que la aplicación otra vez es lenta.
La forma en la que yo solucione este problema es llendo a la configuración del IIS en Windows Server 2003. Allí escogí la opción de las Application Pools y entré a las propiedades de la Pool en donde corre mi aplicación. Allí escojo el tab de Performance y des selecciono la opción de Idle Timeout. De esta forma, los process workers se mantienen en la memoria aunque la applicación no sea usada, evitando los largos momentos que el IIS usa para compilar y cargar la aplicación en memoria.
He tenido esta configuración por casi 6 meses ya y no he sentido ningún problema con el desarrollo general del servidor.
Agradecimiento con dos años de retraso, pero he tenido este problema bastante tiempo y creo que tu aporte me lo ha solucionado.
Saludos