Hola.
Podrías pasar por GET el nombre de la imagen que quieres que se muestre en el popup. Recuerda validar el nombre de archivo para que solo puedan abrir imagenes y no otra cosa.
Algo así:
Código:
<a href="javascript:popUp('main_popup.php?img=<?=$imagen?>',false,300,300);"><img src... /></a>
Donde dice <?=$imagen?> debería ir solo el nombre del archivo de la imagen grande.
Y en main_popup.php, al comienzo del código, algo así:
Código PHP:
$img=$_GET["img"];
$img=preg_replace("/[^a-zA-Z0-9-_.]/si","",$img);
en el cuerpo:
Código:
<img src="/ruta/imagenes/<?=$img?>" .. />
Espero que te sirva.
Revisa también
este enlace, es algo parecido con un buen efecto y sin usar popups que son algo molestos, por ahí te sirva mejor.
Saludos!