honestamente se me hace mala idea eso de almacenar el HTML y luego tratar de modificarlo...
lo ideal en todo caso, usando la misma metodología sería emplear XML, o bien, la estructura que sea un árbol de objetos, que fácilmente se puede serializar/deserializar con PHP...
así es mas rápido obtener el mismo objeto y modificarlo, como sea el XML resulta un objeto sencillo, y solo así sería igual de sencillo proceder...
al final, dicho objeto es iterable y no debe ser complicado generar el HTML relacionado con tu sistema de brackets, pero solo al final... el punto es que usar HTML como una fuente de datos es errado, no mas...