primero debes saber que
file() devuelve un arreglo con las lineas del archivo especificado...
luego debes saber que el primer índice de los array siempre es cero, de modo que la linea
5 es el índice
4 tal como se declara en el ejemplo...
finalmente si, se reemplaza
algo por
algo mas pero puedes omitir eso y cambiar la linea completamente...
Código PHP:
$test[$numero_de_linea -1] = 'nuevo texto';