irda:
En esto no hay magia, simplemente se trata de hacer tu código php lo mas seguro posible,
algunos links:
http://www.tufuncion.com/php_seguridad_I http://www.desarrolloweb.com/articulos/1010.php http://www.php-hispano.net/articulos...-en-php-1.html
y como estas, cientas.
Y para finalizar algo a tener en cuenta, a menos que tengas tu propio servidor y seas un experto en como configurarlo para su seguridad, siempre vas a estar expuesto a que las fallas (involuntarias y de las otras) se produzcan en quienes administran tu hosting.
asi, como solía decir mi abuela,
"a Seguro, se lo llevaron preso"
Saludos