la solucion de DooBie es una alternativa, pero a mi juicio no es necesario crear un procesador de php que cargue el archivo javascript. lo que considero mas facil es cambiar la extension .js por .php tanto del archivo como en la ruta src de <script>. luego al inicio envia un header para indicar el tipo de archivo. es decir, para que <script> lo lea como un archivo javascript y no html.
http://www.givegoodweb.com/post/71/javascript-php