Hombre, a mi a penalización no me suena... :|
Los spiders leen una cantidad elevada de código hasta llegar a la primera aparición de texto/contenido de tu página principal. El uso de imagenes para tus menus es completamente contraproducente, ya que no empleas ninguna etiqueta TITLE y ALT en los elementos del menu., por lo que no aportan absolutamente NADA de cara a SEO.
Por otro lado... si Gugle no indexa tu página principal, es básicamente por que .... NO QUIERES QUE LA INDEXE!!! .oO(Chaaaaaaaaaaaan chaaaaaaaaaaaaan chaaaaaaaaaaaaaaan!!!!)
Cita: <meta name="robots" content="noindex, follow" />
Con esta etiqueta estas informando a los spiders que pasen de tu página PRINCIPAL y que sigan todos sus enlaces, motivo por el cual si aparecen páginas indexadas en Gugle, pero no la página principal.
Para más información
http://en.wikipedia.org/wiki/Noindex
Por el tema de la penalización... NAH! No te preocupes, ELIMINA esa etiqueta y listos
Saludos
PD.: Siento no haberle echado un vistazo en "profundidad"... pero las cañitas y las tapitas me llamaban xD ;)