Como dice
repara2, lo mejor es usar una base de datos. Te ahorrará trabajo (depende la organización de la BD), ya que un .txt es algo que vas a tener que
trabajar más y va a ser una tarea ardúa.
Sobre el tema de almacenamiento de la base de datos y tal, no te preocupes por eso, MySQL hoy lo aguanta todo. Siempre y cuando lo tengas todo bien organizado y optimizado.
De lo que te debes de procupar, quizás no ahora, pero si más adelante, es de tu alojamiento. Pués si tienes un alojamiento pobre, MySQL trabajará mal. Cuando necesitas almacenar millones de registros en una base de datos, lo mejor es contratar un servidor obviamente y, que éste, tenga la capacidad suficiente para manajear todo eso...
Mira, hace tiempo pregunte yo casi lo mismo y te adjunto
el tema para que veas las respuestas 
Saludos,
PD: He dado por hecho que trabajas con MySQL pero bueno, da igual cualquier otra...