Mmm tu pregunta no esta muy clara. Sin embargo, te respondo la pregunta del titulo: Auto-incrementar o Auto-incrementar? Verás, cuando programas debes tratar - en lo mas posible- controlar los datos que ingresa el usuario, para evitar incongruencia de datos. Para eso puedes hacer uso de selects, checkbox, radiobottoms, etc. en los formularios. Claro siempre habrán datos que no puedas captar a través de estos elementos, por lo que entonces deberás usar cajas de textos o inputbox. En el caso del id o identificador de un registro, es bastante recomendable que este sea controlado por la web -auto-incrementado- y no por los usuarios finales. Claro, esto no impide que puedas usar un dato irrepetible que identifique a un registro como único: En el caso de una tabla usuarios, datos como el número de licencia, número de identificación, número de teléfono, etc, harían esta función muy bien. Sin embargo la manera de captar estos datos sería a través de inputbox, es decir, el usuario tendría que ingresarlos, por lo que se presta para posibles errores. Por lo que entonces sería correcto tener un identificador auto-incrementado como primera opción.
En el caso de actualizar - borrar un registro, te recomendaría investigar acerca de los
conceptos básicos de integridad referencial, eso te vendrá bastante bien. Sin embargo, te adelanto que haciendo la actualización y borrado en cascada no deberías tener mayor problema, esto es algo que permiten hacer las tablas tipo InnoDB con solo elegirlas!