Cita: ¿Será un virus en el MBR si es que así se llama?
Lo mas probable es que no...
Cita: ¿Cómo es que si el diagnosticador del fabricante repara los errores vuelve a ocurrir toda esta maldición informática?
Sencillamente puede que el HDD se halle en la ultimas... y de hay que ni el software específicos de reparación soluciona el problema...
Cita: ¿Cómo sé si son errores lógicos o físicos?
Si fuese físicos decir mecánico, este reproduce ruidos extraños, anormales por parte del cabezal..
Viendo tu situación esta claro que ese HDD no esta en perfectas condiciones..
Procede a realiza un análisis del mismo con un software denominado HDDRegenerator.
Si es posible también procede a realizar al mismo un formateo a bajo nivel de este con Active Killdisk
Si aun asín persiste la inestabilidad en el HDD, prueba este en otro sistema para asegurar su incorrecto funcionamiento...
Si persiste poco mas se podrá hacer por el mismo...