sam90, si
crees que la funcion exec es la que le ayuda, como sabes que es complicado hacer la interaccion?
El servidor, es un servidor linux, o un servidor windows?
Te pregunto, porque si es un servidor linux, es muchisimo mas sencillo que si fuera windows.
Lo unico que tienes que hacer es dar de alta al usuario apache, en el archivo sudoers, escribir un shell script para ejecutar tu programa y usar el comando exec o shell_exec para ejecutar el shell script.
Aqui te dejo un tutorial donde puedes realizar lo que necesitas en Linux/Unix
http://www.cyberciti.biz/tips/change...hp-script.html