Hay varias aproximaciones te dejo una liga a alguna de ellas con pros y contras
Four ways to work with hierarchical data pero coincido con MasterPuppet la simulacion de algoritmos de arboles para almacenar gerarquias es la que mejor se puede acomodar a tu necesidad. Tambien para complementar hay dos ORM que implementan bien el nested model y puede servirte para faciltarte el trabajo en lo futuro.
Doctrine Propel
El uso de ORM's tiene una curva de aprendisaje un poco mas larga todo depende de tus habilidades pero vale la pena.