YUI compressor [1] es lo que necesitas.
Por ejemplo yo hacia esto antes de poner en produccion
Código:
cat *.js > x.js
java -jar /path/to/yuicompressor-2.4.2/build/yuicompressor-2.4.2.jar x.js -o packed.js --charset utf-8
Primero me ubicaba en el directorio donde estan todos mis js y los uno y eso lo comprimo con yui compressor.
[1]:
http://developer.yahoo.com/yui/compressor/