No hay problema. Solo tienes que instalar
EasyBCD, que es un gestor de arranque, y que te permite seleccionar el sistema operativo a elegir (se instala en un plis plas, pues ocupa muy poco).
Lo ideal es que tuvieras en la otra partición, otro sistema operativo. Si tuvieras XP en una y Windows 7 en la otra, no te haría falta instalar EasyBCD, pues el propio Win7 ya lleva un gestor de arranque para seleccionar el sistema operativo con el que quieres arrancar.
Yo tengo el disco con 3 sistemas: Win XP (el que más uso), Vista (ni lo toco), y Windows 7 (de vez en cuando).
Saludos