con dominio en segundo nivel te referis a por ejemplo:
.com.ve
.com.mx
.com.ar
...etc ?
Siempre el dominio .com.ve tendrá cierta preferencia desde google.com.ve.
Aquí tu duda planteada en otros topics:
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.com vs .com.ar
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.com vs .es
En principio tendrías que analizar cuáles son los términos que te generan estas visitas?
A ver, vos decis que que obtenés muchas más visitas desde Mexico que en Venezuela.
Lo que habría que chequear es respecto al término o frase buscada, cuán buscada es en cada país? Fijate en Adwords Keyword Tool.
Quizás en venezuela es buscada 5000 veces, y en méxico 30000, por citar un ejemplo, y esto sería en primera instancia la razón de tanta diferencia en visitas (asumiendo la misma posición en google.com.mx, y en google.com.ve ).
saludos