Eso de "obligan a tener los temas en una carpeta y por lo tanto en la web siempre se estarian sonando esos archicos en un único reproductor" no es correcto. Se ubican en una misma carpeta por un tema de orden, si los pones todos separados, para el reproductor (del modulo), seria muy dificil poder actuar de manera correcta.
Yo usaria el swftools, la opcion mas moderna de todas.
http://drupal.org/project/swftools
Cada usuario sube un mp3, y lo muestra en el reproductor que vos instales y configures en el modulo. El tema es si queres que el usuario pueda subir multiples ficheros al crear un contenido o no, pero en todo caso ese modulo te serviria.
Saludos.