Por mysql puedes sacar la cantidad de minutos en un campo extra y luego por mysql solo sacas el promedio entre esos valores.
Para sacar la cantidad de minutos entre un campo y otro haz esto: 
Código:
 SELECT TIMESTAMPDIFF(MINUTE, hora_ingreso, hora_fin) as minutos
FROM tabla
  Y para poner el promedio es cosa que vayas sumando este valor y despues lo divides por las veces que se ha sumado: 
 Código PHP:
    $contador = 0;
while(...){
    $valorASumar = $valorASumar + $campoMinutos;
    $contador++;
}
$promedio = $valorASumar/$contador; 
    
  Suerte!