No lo he usado, pero generalmente se usan los siguientes RewriteCond antes de tus reglas, el objetivo es ignorar las reglas de reescritura (supongo que es eso a lo que te refieres) de RewriteRule, en el caso de que la url sea de un archivo que exista en el servidor.
Código Apache:
Ver originalRewriteCond %{REQUEST_URI} !-f
RewriteCond %{REQUEST_URI} !-d
Prueba y nos cuentas