Como puedo controlar ids en una base de datos innoDB

[yoshi001]

si ya lo lei y por lo que pude en tender utilizaria algo mas o menos asi:

$anio_convocatoria = date(Y);
$mysqli=mysql_query("BEGIN;");
$consulta=mysql_query("SELECT consecutivoestudiante FROM control where convocatoria_id=".$anio_convocatoria." FOR UPDATE");
if ($mysqli= mysql_fetch_array($consulta)){
$nextid=$mysqli["consecutivoestudiante"]+1;
$_SESSION["id_registrado"]=$nextid;

la cuestion es aqui insertaria o donde y si luego actualizo o primero actualizo??
mysql_query ("UPDATE control SET consecutivoestudiante= ".$nextid." WHERE convocatoria_id=".$anio_convocatoria.";");
$mysqli=mysql_query ("commit();");