¿Has seguido las intrucciones de instalación que vienen aquí?
http://www.apachefriends.org/winxamp...don-tomcat.txt
Por lo que dice, o lo instalas como servicio (ejecutando un bat) , o cada vez que lo quieras utilizar tienes que simplemente ejecutar un .bat.
Para probar la parte de java, te será más cómodo utilizar el tomcat aislado, pero si lo quieres usar en conjunto con la parte de PHP, debrías utilizar el tomcat como addon de xampp.