Desactivaste la directiva de ocultar letras de unidad, reiniciar para ver si se resuelve de momento ? 
Cuál letra de unidad tiene la memoria USB luego de reiniciar, es E o D, o cuál letra le asignaste a E cuando mencionas haberla cambiado ? 
Verifica si la unidad D o la partición que se supone era D aparece en la Admininistración de discos o Administrador de discos duros.
Ejecuta en menú INICIO> Ejecutar: DISKMGMT.MSC
Si no tiene letra de unidad asignada, y D no es la partición del sistema operativo. Aplica menú contextual> Cambiar la letra y rutas de acceso de unidad> y aplica [Agregar...], y si tiene aplica [Cambiar...].
Si todavía tiene asignado D simplemente cambia la letra de unidad a cualquier otra excepto E, B, y cualquier otra que ya utilizaste o que pueda estár siendo utilizada por discos extraibles o dispositivos con memoria extraibles, o lectoras de tarjetas USB, etc...
En lugar de utilizar esa directiva debiste utilizar Tweak UI de los Powertoys para Windows XP, o TuneUp System Control de TuneUp Utilities.Ejecuta en menú INICIO> Ejecutar: GPEDIT.MSC
Impedir acceso a las unidades desde Mi PC: No impide explorar la unidad desplegando las carpetas [+]--[-] pero impide abrir las carpetas y archivos.
Ocultar estás unidades especificas en Mi PC: Es lo mismo que utilizar Tweak UI de los Powertoys para Windows XP. Solo oculta la unidad pero no impide el acceso escribiendo la letra de unidad X: y presionando Enter en los cuadros de dialogo Abrir/Guardar/Importar/Exportar de aplicaciones, Historial o la última carpeta accedida, lo mismo desde la barra de direcciones de MiPC o Explorador de Windows, desde la ventana o cuadro de dialogo Ejecutar del menú INICIO.
TuneUp System Control> Opciones de carpetas> |Ampliadas]> [Configuración]> |Iconos de unidades de disco]> desmarca la letra de unidad a ocultar de MiPC y Explorador de Windows.
Soluciones más efectivas
Si cada quién que accede al equipo tiene su propia cuenta de usuario simplemente debería impedirle el acceso a la unidad.
Instrucciones.
También está la opción de
asignar una letra de unidad fija que nunca llegue a ser utilizada por otros dispositivos,, por ejemplo asignale la letra U. Finalmente solo falta impedir el acceso a la unidad denegando permisos para que no pueda abrir/explorar la unidad o no pueda efectuar cambio alguno en su contenido o ni siquiera abrir archivos.
Instrucciones.
Añadí información que ya conoces porque otros pueden no tener ídea, y sería aportar información incompleta. 