Creo que yo si entendí, de lo contrario que me corrijan. Nuestro amigo quiere insertar las letras en un tabla y los números en otra diferente, ahora, él solo quiere que las letras se inserten solo una vez para cada letra y solo lo especifica sobre las letras ( para los números no dice nada ), entonces lo que se me ocurre es:
Código PHP:
Recorrer el arreglo
Separar letra y número
Busco la letra en la tabla LETRAS
Si la letra no existe
Inserto letra en la tabla LETRAS
Y obtengo su ID o llave o como quieran llamarle
Si la letra ya existe
Obtengo su ID o llave o como quieran llamarle
Inserto el numero con el correspondiente ID de la letra para una posible relacion
Fin recorrido del arreglo
Bueno esto es a nivel lógica, es lo que quieres hacer compa? saludox!