Pues yo he usado los dos y te pongo mi conclusion.
Kohana esta desarrollado por una comunidad Codeigniter es desarrollador por una empresa EllisLab.
Entonces varios desarrolladores crearon un fork de CI, pero haciendole mejoras sin embargo estaba basado completamente en CI (kohana version 2).
Cuando surge Kohana version 3, todo fue reescrito desde cero, por lo que ya no tiene mucho que ver con CI.
Las ventajas que yo he visto
- Ligero menos de 1 MB
- Seguro (pose sanitizado de variables)
- Artuitectura HMVC
- Completamente POO PHP5
- GET es GET, POST es POST, y SESSION es SESSION, osea cuando yo use CI, se me complicaba usar variable por GET, en cambio en kohana estas varibles funcionan como deberian
- Potente Bootstrap(tipo urls.py de Django ), donde puede configurar praticamente todo sobre tus urls y cargar los modulos que necesites
- Gran cantidad de modulos
- ORM propio y se puede agregar Doctrine
- Tiene modulo para trabajar con MongoDB
- Mecanismos para crear accesos seguros de forma facil
- Cache
- Modulo de Unittesting
- Corre en apache y en lighttpd
- Tu puedes agregar tus propias clases solo la agregas en el bootstrap y listo
Bueno creo que hay mas pero esas me acorde, ademas de que hay muchos modulos, que se estan desarrollando para mejorarlo, te lo recomiendo 100%.
Si ves esta comparacion veras que esta a la altura http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_web_application_frameworks
Y aqui estan los modulos http://dev.kohanaframework.org/projects
Yo use CI, pero me gusto mas Kohana pruebalo
Importante: No lo elimino si no que lo quito de su core de kohana, osea significa que no forma parte del nucleo, pero se puede seguir usando bajandolo desde Github.
Yo uso, los modulos de Email, Image, Pagination, y siempre los bajo desde github, pero no estan en el nucleo por que como dije no forman parte del core, si no que son complementos