Si lo piensas, el valor que proviene de PHP es una cadena.
Sin embargo al momento de imprimir el valor en Javascript estas omitiendo las respectivas comillas, de preferencia:
Código PHP:
var str = '<?php echo $str; ?>';
Recuerda que aunque ambos tipos son string, no son el mismo lenguaje, por lo tanto debes respetar las propias convenciones de sintaxis en Javascript.