Hola hunabku. Si en tu pagina haces una llamada al servidor no puedes evitar que se vuelva a recargar toda la pagina. Lo que hacen las masterpages es ayudar a evitar a que no tengas q repetir codigo y que lo que es comun a todas las paginas como los menus y demas no tengas que repetirlos en todas las paginas. Pero claro. Si pulsas un boton y mandas los datos al servidor para hacer alguna accion, el servidor te recarga la pagina con los datos nuevos, pero claro recargar la pagina implica que el head tembien se recarga
Echale un ojo a este enlace ya que parece que es un problema muy parecido al tuyo
http://social.msdn.microsoft.com/For...-9ecfdec6d293/
Espero que tengas suerte. Un saludo
Pinty