Bueno, todo lo que has posteado no nos da la información que necesitamos:
Cita: mi aplicacion esta en java,
Ajá... ¿Y cuál es esa aplicación? ¿La programaste tu? ¿Te la hicieron a medida? ¿De dónde la obtuviste?
Cita: el backup lo hago de le doy click derecho dump, elijo la ruta donde lo guardare y listo
Esto tampoco nos dice nada. Eso lo hacen todas las aplicaciones que tienen gestión de backups, el asunto es
cómo realizan ese backup, ya que muchas de ellas lo que hacen es invocar por detrás de la interfase al mysqldump.exe, pero otras lo gestionan por sí mismas.
Cita: y lo que note es que no hace las llaves FK,
Esto puede indicar que lo gestiona por sí misma, o bien que el motor de tablas por defecto de ese MySQL es incorrecto. En un caso, la aplicación es basura, en el otro, estás usando un MySQL equivocado o mal configurado.
Cita: notaran que es engorroso estar dandole no a cada SP y funcion ahora no tengo mas q 1000 lineas en mi script de funciones y SP... p
No queda claro si el script lo creaste tu, o es el del backup. Si es el del backup, pareciera que la aplicación no maneja bien la exportación del mismo. Si es un script hecho a mano, es posible que haya errores.
Como puedes ver, la info que nos das no sirve para responderte. Tienes que ser lo más técnicamente preciso, y no describir las cosas vagamente.
¿Tienes una idea de cuántos programas de gestion de bases hay? ¿O cuántos hay que fueron creados en Java?
Muchos.
Tomate el tiempo necesario y danos los datos exactos. De lo contrario no sabremos pr donde ayudarte.