No conozco ningún servidor de java gratuito, y tampoco te puedo recomendar ninguno de pago, nunca los he utilizado.
Las aplicaciones web en java suelen utilizarse para intranets o empresas con servidores propios.
La forma y configuración para el despliegue dependerá del servidor, yo uso Tomcat.
http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-...yer-howto.html