Como estructurar Web php

[amanitacreaciones]

Buenas otra vez.

Me encuentro desarollando una web con un amigo la cual está creciendo bastante ràpidamente en lo que a funcionalidades se refiere.

Hemos llegado a un punto en el que se está volviendo bastante denso y complejo generar apartados nuevos y creo que es debido a que la estamos estructurando de manera poco eficiente.

Por el momento funciona con un menú que nos pasa por variable $_GET el menú al que queremos entrar, regarga index.php con este menú y entonces segun la variable $_GET que tenemos el index hace un include o otro, siempre es index.php quien decide que parte incluir.

Una vez entrado en este menú podemos seguir navegando, (por ejemplo si hemos ido al menú perfil podemos entrar en leer mensajes privados) con lo cual definimos otra variable $_GET con el sub menú.

Si una vez que estamos en leer MP queremos borrar algún MP otra variable $_GET con la id del MP a borrar.

Así que para hacer una cosa tan simple como borrar un archivo definimos 3 Variables $_GET

Algún consejo para estructurar mejor la web?