El problema no es tu codigo PHP, es tu Javascript y tu HTML.
No utilices ID, el ID debe ser unico. Obten todos los checkbox usando el nombre.
http://www.desarrolloweb.com/articulos/2291.php
Aun cuando no estes poniendo todo dentro de un formulario, no debe importar y con un cambio simple puedes adaptar el codigo mostrado en la pagina que te deje.